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第一條為了加強對農業灌溉水源、灌排工程設施的管理和保護，保障灌排面積的穩定和發展，維護國家、集體和個人管理、經營灌排工程設施的合法權益，根據《中華人民共和國水法》和有關規定，制定本辦法。

第二條凡占用國家所有的農業灌溉水源、灌排工程設施，或人為造成農業灌溉水量減少和灌排工程報廢或失去部分功能的行為，均適用本辦法。

第三條國家對占用農業灌溉水源、灌排工程設施，或人為造成農業灌溉水量減少和灌排工程報廢或失去部分功能的，實行有償占用與等效替代相結合的原則。

第四條國務院水行政主管部門負責本辦法在全國的組織實施、檢查和監督，其所屬的流域機構負責本辦法在其流域管理范圍內組織實施、檢查和監督。縣以上地方各級人民政府的水行政主管部門，負責本辦法在其管轄和授權管理范圍內組織實施、檢查和監督。

第五條占用跨省級行政區受益的農業灌溉水源、灌排工程設施，并涉及到相鄰省級行政區利害關系的，應當由占用行政區的水行政主管部門在事先征求相鄰行政區水行政主管部門的意見后，報所在流域機構審批；重大項目經流域機構審查后，報國務院水行政主管部門審批。

第六條任何單位或個人占用農業灌溉水源、灌排工程設施，必須事先向有管轄權的或管理權的流域機構和水行政主管部門提出申請，并提交有關文件資料，經審查批準后，發給同意占用的文件，并報上一級水行政主管部門備案。

第七條從事各項建設，需要占用農業灌溉水源、灌排工程設施及造成灌排工程報廢或失去部分功能的，占用者必須在申報建設項目可行性研究報告時，附具管轄該灌排工程的水行政主管部門批準的文件。

第八條占用農業灌溉水源、灌排工程設施三年以上的（含三年），占用者應當負責興建與被占用的農業灌溉水源工程、灌排工程設施效益相當的替代工程。無條件興建替代工程的，占用者應當按照新建被占用等量等效替代工程設施的總投資額交納開發補償費。具體補償數額，由被占用工程的管理單位編制提出占用補償方案，經法定的評估機構評定后，由管轄被占用農業灌溉水源工程、灌排工程設施的水行政主管部門審核后，報同級物價、財政部門審定。

第九條由國家財政投資建設的項目，需占用農業灌溉水源、灌排工程設施的，按照水利工程的現值，由占用單位負責補償。

第十條國家建設征用城市郊區菜地的，按《國家建設征用菜地繳納新菜地開發建設基金暫行管理辦法》執行，不再交納開發補償費。

第十一條凡占用農業灌溉水源、灌排工程設施（包括占用期三年以上和三年以下），給工程管理單位造成的經濟損失，經法定的評估機構評定后，報相應的水行政主管部門和同級物價、財政部門核準，由占用者給予賠償。并交付被占用的水源工程、灌排工程設施管理單位，用于彌補損失，不得挪作他用。對三年以下臨時占用期滿的，占用者必須負責恢復工程被占用前的原貌，經原批準占用的水行政主管部門和有關部門驗收合格后，方可辦理交接手續。

第十二條占用農業灌溉水源、灌排工程設施計收的開發補償費，由縣以上各級水行政主管部門會同財政部門依照管轄權限核收，納入同級財政預算管理，專款專用。由國務院水行政主管部門和其所屬流域機構審批的占用農業灌溉水源、灌排工程設施計收的開發補償費，由占用者就地交人中央金庫，并由國務院水行政主管部門及其所屬流域機構負責監交。

第十三條被占用農業灌溉水源、灌排工程設施核收的開發補償費，專項用于農業灌溉水源工程、灌排工程開發項目和灌排技術設備改造。使用時由水行政主管部門編制項目計劃，報同級財政部門核準后列支。對于沒有開發條件的地區，應當將核收的開發補償費交上一級財政部門，按照本條第一、二款規定使用。

第十四條利用開發補償費興建的灌溉水源工程和灌排工程設施及其占用者補償興建的替代工程的所有權、使用權，由水行政主管部門會同同級財政部門確定。

第十五條對違反本辦法的單位和個人，縣以上各級水行政主管部門依照本辦法和有關法律、法規的規定，追究其行政法律責任。對于發生的治安、民事、刑事違法案件，應報公安、司法部門依法查處。

第十六條本辦法的實施細則和占用集體、個人所有和管理的農業灌溉水源、灌排工程設施的補償辦法，由省、自治區、直轄市人民政府結合各地實際情況制度。

國務院水行政主管部門所屬的各流域機構可根據本辦法制訂實施細則，報國務院水行政主管部門批準，并報財政部、國家計委備案后實施。

第十七條勞改、農墾等其他部門因被占用農業灌溉水源、灌排工程設施核收開發補償費，應參照本辦法執行。

第十八條凡縣以上地方各級政府制定的規章和規范性文件，與本辦法不一致的，均應按本辦法執行。