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國家“863計劃”現代農業技術領域通過攻關精細定位和克隆一批重要性狀的有利基因，開發一批功能標記，奠定了開展分子標記育種的技術基礎

在水稻上，成功開發控制稻米品質形成的淀粉合成相關酶基因分子標記35對，精細定位和圖位克隆水稻籽粒寬度基因GW5、顯性矮稈基因（dx）、水稻穗部性狀突變體ap、水稻花粉隱性核不育基因ms～nop、香味基因和紅蓮型恢復基因Rf6（t）；獲得水稻白化基因共分離SSR標記3個，第4染色體上白背飛虱拒食抗性基因qSI～4的分子標記M3013和M6603、第6染色體上白背飛虱殺卵抗性基因qOVI～6的特異分子標記M2324和M2529、第3和第6染色體上大粒基因（GW3,GW6）的特異標記RM282、RM6836、第2染色體上少蘗基因（ft）的分子標記RM6874和RM5764等

開發出小麥高分子麥谷蛋白亞基By8、By16、Dx5、Bx14和Bx17，低分子量麥谷蛋白亞基Glu～D3、Glu～B3基因單元型及多酚氧化酶活性（Ppo～2A,2D）、黃色素（Psy～A1）和抗穗發芽（VP～1B）基因的功能標記；獲得小麥抗條銹新基因YrC108、YrC142、YrC110和Yr26，抗白粉病基因Pm6和Pm12，抗赤霉基因（3B）和抗黃矮病基因Bdv2的分子標記。

在玉米染色體2和3上獲得2個“一致性”抗病絲黑穗病基因的SCAR標記scar～195（2.6cM）和scar～111（2.4cM），抗玉米紋枯病QTL的臨近SSR標記umc1245（0.01～5.89cM），第6和第9號染色體上的抗穗粒腐病QTL鄰近分子標記aggcaa675和acactt825。

獲得大豆耐鹽基因的CAPS標記1個和SNP標記4個，大豆過敏蛋白GlymBd28K的In/Del標記1個。在大豆B2和L連鎖群檢測到2個產量QTL，獲得穩定表達的四粒莢和單莢粒數QTL，在A2連鎖群的Satt424~Sat_162區間檢測到干豆腐和干豆乳得率主效QTL各1個，在連鎖群H上qRMC～h～1和D1b連鎖群上qRMC～d1b～2區間檢測到抗篩豆龜蝽QTL。

開發油菜含油量相關功能基因標記65個，蛋白質含量的功能標記ESTP35，芥酸功能基因的Indel標記1個，油酸合成基因FAD2的SCAR標記1個。將油菜黃種皮基因定位于擬南芥的第5染色體，并獲得兩側分子標記距黃種皮基因的距離分別為0.36cM和0.56cM，在甘藍型油菜LG20連鎖群上檢測到2個硫苷含量QTL，獲得4個與油酸含量相關的QTL（OAQ1、OAQ2、OAQ3和OAQ4），位于N13、N8、N13和N1連鎖群，3個抗甘藍型油菜菌核病QTL，3個花生油份含量QTL（oilc01、oilc02和oilc03），6個花生抗黃曲霉侵染QTL。

開發出抗馬鈴薯晚疫病基因的CAPS標記8個和AFLP標記14個。獲得白菜雄性不育AFLP標記8個，甘藍顯性雄性不育基因Ms標記12個，抗番茄黃萎病基因的SSR和AFLP標記4個，抗CMV基因的ISSR分子標記2個，抗根結線蟲基因的AFLP分子標記1個，黃瓜苦味基因的SCAR標記SC87。在林木上，獲得桃有毛/無毛的SCAR分子標記，桃果實酸基因的SCAR分子標記，桃白肉基因的分子標記UDP98～407(680bp)，櫻桃自交可育性狀基因的共分離AS～PCR分子標記。

克隆出在楊樹木材形成后期特異表達基因的啟動子3個，從毛白楊形成層cDNA中分離出PtABP1基因全長cDNA序列，獲得與楊樹次生生長相關的蛋白AAO49811。