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隨著我國社會主義市場經濟體制的逐步建立，特別是我國加入世界貿易組織后，兩套所得稅制度已經不能適應新形勢發展的需要，出現了許多矛盾和問題，其中最主要的有以下問題：

1.兩套稅制違反國民待遇原則，不符合世貿規則和國際通行做法。

國民待遇又稱無差別待遇，是世界貿易組織最基本的原則，其實質是非歧視原則。它一方面要求在同等條件下，外商所享受的稅收待遇不低于本國居民；另一方面外商也不能要求享受任何高于本國國民的稅收待遇。從我國目前的情況來看，稅收非國民待遇和超國民待遇同時并存。一方面外資企業享受了許多國內企業不能享受的稅收待遇；另一方面，由于內外資企業所得稅沒有統一，外資企業在享受稅收優惠待遇的同時，也存在一些非國民待遇，適用于內資企業的某些稅收優惠，如福利性、照顧性稅收優惠，外資企業不能享受。各國稅法一般是以區分居民和非居民來確定不同的納稅義務，而不是以資金來源的不同實行不同的稅制，采取不同稅收待遇。

2.兩套稅制違反稅負公平原則，不利于企業公平競爭。

外商投資和外國企業法規定，外資企業享有2年免稅、3年減半征稅、再投資退稅等大量的稅收優惠政策。而內資企業不能享受同等的稅收優惠政策。目前內資企業的實際稅負大約為25%，遠高于外資企業實際稅負大約為15%的水平。這對內資企業是一種極不公平的待遇，特別是我國加入世界貿易組織后，外資將會大量進入我國，使我國內資企業將面臨極為不平等的競爭環境，在國內外激烈的市場競爭中處于極為不利的地位，不僅不利于各種類型企業的公平競爭，而且嚴重影響內資企業和民族工業的生存和發展。

3.兩套稅制違反稅收效率原則，不利于降低費用和提高效益。

一方面，效率原則要求稅務機關講究行政管理效率，盡可能節約稅收征管費用，包括節約稅務機關的征管費用和納稅人申報交納的費用。由于實行兩套所得稅制，有國稅、地稅兩個稅務機關、兩套稅務人馬分別征收同一種稅，不僅極大地增加了征收成本，而且加大了兩個稅務機關之間、稅務機關與納稅人之間的摩擦和矛盾，降低了征收效率。

另一方面，效率原則要求稅收的額外負擔最小。所謂額外負擔，是指由征稅造成的、超過稅收成本以外的經濟損失。由于實行兩套所得稅制，不僅導致稅收優惠過多過濫，稅收收入白白流失，而且因對內外企業的稅收待遇不同，背離了稅收中性原則，扭曲了市場經濟行為，影響了市場經濟的運行效率和資源配置的效益。

4.稅制不規范既加大了稅收征管難度，又影響企業深化改革。

隨著經濟全球化的發展，資金的流入，流出日趨頻繁，資本流動超越國界。中國企業到境外投資再回國內投資和上市籌集境內外資金的現象日益增多，由于兩套稅制極不規范，不僅愈來愈難以區分“內資”、“外資”企業，而且增多了企業避稅的途徑和稅收流失的漏洞，加大了稅收征管的難度，不利于強化稅收征管，堵塞收入流失。同時，由于內資企業、外資企業稅收待遇不同，稅負相差很大，導致企業更多的根據稅收待遇選擇經營組織形式，不利于企業按現代企業制度要求深化改革。

5.稅收待遇不同導致所得稅執法不嚴，稅收流失嚴重。

由于內資企業、外資企業享有不同的稅收待遇，使企業之間互相攀比，要求給予更多的稅收優惠。加上所得稅為中央與地方共享稅，受利益驅動和地方保護主義影響，為了吸引外來投資，亂開口子時有發生，許多地方擴大稅前列支范圍，放寬稅收優惠政策，隨意減免稅現象屢禁不止，這是造成稅收優惠過多過濫、稅收流失嚴重的一個重要原因。

二、我國企業所得稅制度改革的主要原則和重點

為了解決上述問題，我國企業所得稅制改革的方向應當是，通過統一所得稅法，公平所得稅負，規范所得稅制，建立和完善既符合國際慣例、又適合我國社會主義市場經濟發展的企業所得稅制。我們改革企業所得稅制總的要求是，遵循WTO規則和國際通行規則，結合中國國情，認真借鑒世界各國的有益經驗，以保證我國稅制的規范性、科學性。具體地說，所得稅制改革應當遵循以下主要原則：

1.按照公平稅負原則，統一內外資企業所得稅。

公平稅負包括兩層含義：一是橫向公平，即要求具有相同能力的納稅人必須繳納相同的稅，而不再區分納稅人的資金來源、組織形式、經濟類型等有何不同；二是縱向公平，即對具有不同的納稅能力的納稅人必須繳納不同的稅，具有較高納稅能力的納稅人必須繳納較高的稅。所得稅制缺乏橫向公平，主要產生于兩套不同的稅制和將稅收制度用于某些非籌集收入的目的，如以優惠的稅率吸引外商來華投資；所得稅制缺乏縱向公平，主要產生于稅收優惠過多過濫，導致所得稅的實際稅率與名義稅率的差距過大。按照公平原則，必須統一內外資企業所得稅制，包括合并內外資企業所得稅，調整和統一稅前列支項目，調整和統一所得稅率，調整和統一稅收優惠政策，以取消內外資企業不同的稅收待遇，縮小所得稅實際稅率與名義稅率之間的過大差距。

2.按照適度征稅原則，適當降低稅率、拓寬稅基。

適度征稅原則是指政府征稅，包括稅制的建立和稅收政策的運用，都要兼顧國家財力的需要和稅收負擔的可能，做到取之有度。遵循適度原則，要求稅收負擔適中，稅收收入既能滿足國家財政支出的正常需要，又能與國民經濟發展同步協調，并在此基礎上，使社會稅收負擔盡量從輕。

目前我國內外資企業所得稅的法定稅率為33%，但對特殊地區和企業，分別實行27%、18%、15%的優惠稅率。由于存在較多的稅收優惠，實際稅負與名義稅率的差距較大，內資企業實際稅負為25%左右，外資企業實際稅負為15%左右。按照適度征稅原則，根據世界各國稅制改革的發展趨勢，考慮到我國周邊國家所得稅率的情況，從我國的實際需要和可能出發，所得稅從33%降到25%左右為宜。同時適當減少稅前扣除項目，嚴格限制費用扣除，將資本利得納入征稅范圍，拓寬所得稅稅基。限制費用扣除的原則：一是與取得收入沒有直接聯系的；二是收入與費用發生期不配比的；三是交易的目的是避稅的；四是稅收政策已有規定的。通過上述措施，不僅可以保證國家財政收入發生大幅度變化，而且有利于提高我國企業的國際競爭能力。

3.按照適度原則和效益原則，調整優惠政策，轉變優惠方式。

稅收優惠的適度原則，是指稅收優惠的量應以最能恰當地實現稅收優惠的目的為標準，同時考慮國家財政的承受能力和企業的稅收負擔狀況。效益原則則要求以盡量少的稅收優惠量達到對特定行業、活動最有效的鼓勵和扶持。

我國現階段稅收優惠的主要問題：一是稅收優惠量過大，稅收優惠的管理權限雖集中在中央，但實際操作中，許多地方各級政府為了吸引外資、發展本地經濟，仍以種種形式和手段，越權減免稅，使稅收優惠規模難以控制，不僅導致了稅收的大量流失，提高了稅收的征收成本，而且也易誤導企業的經濟行為，增加了稅收的額外損失；二是稅收優惠的結構不合理，主要集中在對外資企業的所得稅優惠方面，不僅嚴重影響了內外資企業的公平競爭，而且由于國家間稅收的管轄權的差異，國際間雙重征稅的存在，使外國投資者往往享受不到所得稅的實際優惠，影響了稅收優惠的效果；三是稅收優惠偏重于直接形式，以減免形式為主，很少運用加速折舊、加計扣除、投資抵免等間接優惠形式，不利于提有關規定執行，凡是稅法沒有規定的，則按財會制度執行，以增強稅法的規范性和強制性。